1-     Gelir Vergisi Kanunun 25.maddesinde yapılan değişiklikle İş Kanunda yer alan işçinin mahkeme kararı ile işe iadesi hakkını kazanması sonucu mahkemenin belirlediği işe başlatmama tazminatı da gelir vergisi istisnaları kapsamına alınmıştır. Bu kanunun Geçici 77.maddesi ile damga vergisi hariç daha önce ödenmiş işe başlatmama tazminatları gelir vergileriyle ilgili idareye başvurulması ve dava açmamaları şartıyla iade edilecek. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

2-     Gelir Vergisi Kanunun 32.maddesine ‘ücretlerin vergilendirilmesinde asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra, varsa teşvik amaçlı diğer indirim ve istisnalar dikkate alınır ‘ metni eklenerek A.G.İ. sonra kalkınmada öncelikli bölgelerde çalışan işçilere uygulanan diğer gelir vergisi teşvikleri gibi diğer teşviklerinde uygulanması sağlanmıştır. (Yürürlük tarihi 01.01.2009)

3-     Türkiye Kızılay Derneğine(İktisadi İşletmeleri hariç) makbuz karşılığı yapılan nakdi bağış ve yardımların tamamı Gelir ve Kurumlar Vergisi matrahından indirim hakkı getirilmiştir. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

4-     5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunun 17.maddesine bir fıkra ekleme yapılarak tasfiye süreci biterek ticaret sicilinde silinmiş şirketlerin tasfiye öncesi ve tasfiye dönemlerinde doğacak her türlü vergi ve cezalar için açıklık getirilmiştir. Buna göre müteselsilen sorumlu olarak doğacak her türlü vergi ve cezalar tasfiye öncesi dönemler için kanuni temsilciler, tasfiye döneminde ise tasfiye memurlarının herhangi bir adına tarhiyat yapılacaktır. Limited şirket ortakları tasfiye süreci öncesi doğacak amme alacaklarından hisseleri oranında sorumlu olacaktır. Tasfiye memurlarının sorumluluğu ise tasfiye sonucu dağıtılacak tutarlarla sınırlı olacaktır. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

5-     5520 sayılı Kurumlar Vergisine eklenen Geçici 5.madde ile küçük ve orta büyüklükteki şirketlerin birleşmeleri kanunun aradığı şartları uyulması halinde birleşme hesap dönemi dahil olmak üzere üç hesap döneminde elde ettiği kazançlara  kurumlar vergisi oranını % 75 ‘e kadar indirimli uygulatmaya Maliye Bakanlığı yetkili kılınmıştır. Ayrıca KOBİ tanımı kapsamına giren gelir vergisi mükellefler de GVK 81.maddesinde aranan şartları sağlamaları şartıyla bu madde hükmünden yararlabilecektir. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

Şirket birleşmelerin şartları aşağıda özetlenmiştir.

Ø      Fesh edilen şirketin birleşme tarihindeki sabit kıymetlerinin rayiç bedelle, diğer kıymetlerinin ise V.U.K. değerleme hükümlerine uygun değerler ile bir bütün halinde birleşilen şirketin bilançosuna kaydedilmesi,

Ø      Birleşmeden doğan kazançların birleşme tarihi itibariyle birleşilen şirketin                   sermayesine eklenmesi,

Ø      Birleşilen kurumun, münfesih edilen kurumun tahakkuk etmiş veya edecek vergi borçlarını ödeyeceği ve diğer ödevlerini yerine getirmeyi taahhütnameyle taahhüt etmesi,

Ø      Birleşen şirketlerin Mart 2009 ayında çalışan toplam işçi sayısından az olmamak üzere birleşilen şirkette üç yıllık süreyle aylık o sayıda işçi çalıştırmaları,

Ø      Birleşen şirketlerin Aralık 2008 sigorta bildirgesinde 10 ile 250 arası işçi çalıştırmaları ve 2008 yılında net satışları toplamı 25 milyon Türk Lirası veya aktif toplamı 25 milyon Türk Lirasını geçmesi yani KOBİ olması gereklidir,

Ø      Birleşen iki veya daha fazla şirketin birleşerek yeni bir anonim şirket oluşturmaları veya bir ve daha fazla şirketin bir anonim şirkete devrolması gereklidir,

Ø      Madde hükmünden yararlanmak için şirket birleşmelerinin 31.12.2009 tarihinde kadar yapılaması gerekir,

Ø      Birleşilen kurumun, indirimli kurumlara vergisi uygulamasının sona erdiği yılı izleyen üçüncü yılın sonuna kadar devir, bölünme ve birleşme işlemine tabi tutulması ile tasfiye edilmesi halinde veya sermaye azaltılması bulunması halinde, indirimli kurumlar vergisi uygulaması nedeniyle zamanında tahsil edilmeyen vergiler gecikme faizi ile birlikte birleşilen kurumdan tahsil edilir.

Ø      Kurumlar Vergisi Kanunun transfer fiyatlandırması yoluyla örtülü kazanç dağıtımıyla ilgili 13.maddesinde sayılan ilişkili kişiler tarafından istihdam veya faaliyetin kaydırılması gibi sadece teşvikten yararlanmak amacıyla yapılan işlemlerin bulunması halinde bu maddedeki teşvikten yararlanamaz.

Birleşme sonrası uygulamaları aşağıda özetlenmiştir.

Ø      Birleşen kurumların öz sermaye tutarını geçmeyen geçmiş yıllar zararları vergi matrahından indirim konusu yapılabilir.

Ø      Devir alınan amortismana tabi kıymetler için faydalı ömürleri dikkate alınarak münfesih kurumdaki kayıtlı değeri üzerinde kalan sürede amortisman ayrılabilir.

Ø      Devir veya birleşmeler KDV istisnadır.

Ø      Birleşilen kurum tarafından devir alınan varlıkların düşük bedelle satılması durumda oluşan zararlar birleşilen kurumun kurumlar vergisi matrahından indirilemez.

Ø      5520 sayılı kurumlar vergisi kanunun 5.maddesini e bendine göre uygulanan iki tam yıl süreyle şirket aktifinde kalan taşınmaz ve iştirak hisseleri kazançlarına uygulanan % 75 vergi istisnası, birleşme suretiyle devir alınan taşınmazlar veya iştirak hisselerinin satışından doğan kazançlar için indirimli kurumlar vergisi uygulanan hesap dönemlerinde uygulanmaz. Yani birleşme yoluyla devir alınan taşınmaz ve iştirak hisseleri satışlarından doğan kazançlara indirimli kurumlar vergisi uygulanan dönemlerde ayrıca kanunun 5.addesi e bendi istisnası uygulanamaz. 

6-     Konut Yapı Kooperatiflerin üyelerine yaptıkları konut teslimlerindeki KDV istisnası kaldırılmıştır. Kanunun yürürlüğe girdiği tarihten önce ruhsat almış olan konut yapı kooperatiflerinin üyelerine yapacakları konut teslimlerinde KDV istisnası uygulanacaktır. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

7-     Bu kanun ile V.U.K.Mükerer 355.maddesinde değişiklik yapılarak   86, 148, 149, 150,256 ve 257 nci maddelerinde yer alan zorunluluklar ile mükerrer 257 nci madde uyarınca getirilen zorunluluklara uymayan mükelleflere kesilen özel usulsüzlük cezaları, birinci sınıf tüccarlar ile serbest meslek erbabı için 1.000.-TL (Değişmeden önce 1.600.-TL), ikinci sınıf tüccarlar için 500.-TL (Değişmeden önce 760.-TL), basit usuller için 250.-TL (Değişmeden önce 350.-TL) olarak değiştirilmiştir. Ancak bu ödevlerin yerine getirilmesine ilişkin usul ve esasların Maliye Bakanlığınca yapılan düzenleyici idari işlemlerle duyurulması halinde, ilgililere ayrıca yazılı olarak bildirme şartı aranmayacaktır.

Ayrıca elektronik ortamda süresinden sonra düzeltme amacıyla verilen bildirim veformların (BA-BS formları), belirlenen sürenin sonundan itibaren 10 gün içerisinde düzeltilmesi halinde özel usulsüzlük cezası kesilmeyecek, takip eden 15 gün içerisinde düzeltilmesi halinde ise ceza ½ oranında uygulanacaktır.

Elektronik ortamda beyanname ile bildirim ve form verme mecburiyetine uymayanlara mükerrer 355.maddeye göre cezam kesilmesi halinde 352.madde uyarınca ayrıca özel usulsüzlük cezası kesilmeyecektir. (Yürürlük tarihi 01.08.2009)         

8-     359 sayılı Vergi Usul Kanunun a bendinde yer alan defter ve kayıtlarda muhasebe hileleri yapanlar ile muhteviyatı itibariyle yanıltıcı belge düzenleyenlere uygulanan bir yılından üç yıla kadar hapis cezası on sekiz aydan üç yıla kadar olarak değiştirilmiştir. Böylece bir yıl ve daha az cezalar para cezasına çevrilebildiğinden sahte ve muhteviyatı itibariyle belge düzenleyen ve kullananların aldığı cezalar paraya cezasına çevrilemeyecektir. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

9-     6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsili Usulü Hakkında kanunda değişiklik yapılarak, haciz bildirimlerinin alacaklı tahsil dairelerince elektronik ortamda tebliği ve elektronik ortamda cevap verilebilmesine ilişkin usul ve esasları belirlemeye Maliye Bakanlığı yetki almıştır. Ayrıca menkul malların(banka hesapları, bono, çek, tahvil, hisse senedi vs.) haczi için sicillerinin tutulduğu daireye yapılacak tebliğin ve cevaplarının elektronik ortamda tebliği ve elektronik ortamda cevap verilebilmesine ilişkin usul ve esasları belirlemeye Maliye Bakanlığı yetki almıştır. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

10-3568 sayılı Serbest Muhasebeci Mali Müşavirlik Kanunun geçici 13.maddesine eklenen fıkra ile Birlik Genel Kurulu toplanıncaya kadar, kanunun yönetmenlikle düzenlenmesi öngörüldüğü konularda yönetmenlikler hazırlamaya ya da mevcut yönetmenliklerde değişikler yapmaya Birlik Yönetim Kurulu yetki almıştır. Ayrıca birlik ve odaların 2009 ve 2010 bütçeleri gelir ve giderleriyle birlikte yüzde ona kadar artırılmak suretiyle düzenlenmesine birlik ve oda yönetimleri yetkili kılınmıştır. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)

11-5838 sayılı kanunla 5520 sayılı kurumlar vergisi kanununa eklenen teşvik belgesine bağlanan yatırımlara uygulanan indirimli kurumlar vergisi yatırıma katkı oranları artırılmıştır. Buna göre 31.12.2010 tarihine kadar başlayan yatırımlar için her il grubu için yatırıma katkı oranı % 60 (değişmeden önce % 25), yatırım tutarı 50 milyon Türk Lirasını aşan büyük ölçekli yatırımlarda ise % 70 (değişmeden önce % 60) belirlemeye, kurumlar vergisi oranını % 90′ a kadar indirimli uygulatmaya Bakanlar Kurulu yetkilidir. (Yürürlük tarihi 03.07.2009)